Alla data di adozione del PON Ricerca e Competitività 2007-2013 da parte della Commissione europea, nel Dicembre 2007, l'ammontare complessivo delle risorse finanziarie assegnate al Programma era di oltre 6 Miliardi di euro.
Con l'obiettivo di far fronte al periodo di crisi e contribuire al raggiungimento degli obiettivi di Europa 2020, l'Italia ha proposto una revisione dei Programmi operativi e l'istituzione di un nuovo fondo per finanziare le iniziative del Piano Azione Coesione.
Il questo contesto la proposta di riprogrammazione del PON Ricerca e Competitività, inviata dal MIUR (AdG) e dal MiSE (OI) alla Commissione europea e approvata con Decisione dell'ottobre 2012, ha determinato la modifica del piano finanziario del Programma portandolo da 6.205,4 Milioni di euro a 4.424,3 Milioni di euro.
Con la riprogrammazione del Programma il contributo finanziario europeo, assicurato dall'Unione europea attraverso il Fondo europeo di sviluppo regionale (FESR), resta invariato (3.102 milioni di euro) mentre le risorse nazionali liberate vanno a finanziare il Piano Azione Coesione.
Il 57,8% delle risorse totali è destinato alla realizzazione delle azioni a sostegno ai mutamenti strutturali (Asse I del Programma), il 38,5% è riservato allo sviluppo delle azioni di sostegno all'innovazione (Asse II del Programma).
La restante dotazione finanziaria è destinata ad assicurare le azioni di supporto e di accompagnamento alla gestione del Programma e all'attuazione dei suoi interventi (Asse III del Programma).