L'Autorità di Audit (AdA) ha il compito di pianificare, gestire e coordinare le attività di controllo lungo tutto il periodo di programmazione, al fine di garantire l'efficacia dei sistemi di gestione e il controllo e la correttezza delle operazioni.
Nello svolgimento di tale compito, l'Autorità di Audit è tenuta a predisporre una strategia programmatica, a verificare il raggiungimento degli obiettivi di audit e a tenere costantemente informata la Commissione e l'Autorità di Gestione circa gli esiti dei controlli e le attività poste in essere per attivare meccanismi correttivi. In caso di irregolarità o carenze, l'AdA redige appositi rapporti.
Le verifiche dell'Autorità di Audit prevedono sia controlli documentali riferiti ai soggetti coinvolti nella gestione degli interventi sia ispezioni in loco riguardanti la verifica della corretta realizzazione degli interventi cofinanziati.
Nella fase conclusiva del Programma, l'Autorità di Audit è tenuta alla stesura di un rapporto finale, inserito nella dichiarazione di chiusura, che raccoglie il contenuto di tutti i rapporti di controllo effettuati nel corso del periodo di programmazione, evidenziando le carenze e le irregolarità rilevate, determinando l'ammontare della spesa affetta da tali irregolarità, le somme recuperate nonché i pareri sulla efficacia dei sistemi di gestione e controllo messi in atto sul Programma operativo sottoposto a controllo.