Nell'ambito del MIUR - Direzione Generale per il coordinamento e lo sviluppo delle Attività di Ricerca, gli organi competenti per la gestione degli interventi sono l'Ufficio VI incentivazione e agevolazione della ricerca nelle imprese e l'Ufficio III Distretti di alta Tecnologia, Laboratori pubblico-privati e reti d'impresa (UCOGE)
I compiti dell'UCOGE comprendono l'acquisizione delle domande di finanziamento del Programma, la verifica della relativa regolarità e completezza, l'avvio e la responsabilità del procedimento amministrativo di istruttoria delle domande e l'acquisizione dei pareri degli esperti scientifici dell'Unità Organizzativa controlli di I Livello dell'Autorità di Gestione (UOCIL) del Comitato.
Nella competenza del Direttore Generale rientrano la predisposizione degli atti di impegno e di autorizzazione all'erogazione.
La distribuzione delle competenze e delle attività tra i vari organi che intervengono nelle procedure di selezione e verifica è strutturata tenendo conto dell'esigenza di mantenere nettamente separate le funzioni di gestione da quelle di controllo delle spese sostenute e rendicontate.
La struttura di gestione dell'Organismo Intermedio (OI), rappresentato dal MISE, è costituita dalla Divisione V "Programmazione comunitaria e nazionale unitaria", con funzioni trasversali di programmazione, monitoraggio e controllo, dalla Divisione VI "Programmazione e gestione risorse finanziarie"con funzione di Organismo di pagamento, dalla Divisione IV "Monitoraggio e controllo degli interventi", con funzione di controllo e dalle Divisioni VII, VIII, IX, X e XI, definite UCOGE (Uffici Competenti per la Gestione delle operazioni) con funzioni di gestione delle Azioni previste dal PON. Inoltre, opera come UCOGE dell'Organismo Intermedio per la gestione della legge 181/89 e del D. Lgs 185/2000, l'Agenzia Nazionale per l'Attrazione degli investimenti e lo sviluppo d'impresa S.p.A. - Invitalia, ente in house all'Amministrazione centrale.