La Commissione Europea attraverso l'art. 60 del Reg (CE) 1083/06 prevede tra i compiti dell'Autorità di Gestione, lo svolgimento dei controlli di I livello e tra quelli dell'Autorità di Audit, l'esecuzione dei controlli di II livello.
I soggetti coinvolti nell'attività di verifica e controllo sono l'Autorità di Gestione (Miur), l'Organismo Intermedio (Mise), l'Autorità di Certificazione (Miur) e l'Autorità di Audit (UVER).
Un primo livello di controllo, esercitato, per la parte AdG, dall'Unità di controllo di I livello (UniCo) e per la parte OI dalle unità di controllo coordinate dall'Unità di Coordinamento dei Controlli (UCOCO), è svolto in concomitanza con la gestione dell'intervento ed è diretto a verificare la corretta esecuzione delle operazioni gestionali con riferimento agli aspetti amministrativi, finanziari, tecnici e fisici dei progetti. Un secondo livello di controllo sulle operazioni, effettuato tenuto conto della spesa certificata, è svolto dall'Autorità di Audit, identificata nell'Unità di Verifica degli investimenti pubblici (UVER) del MISE - DPS.
I controlli di secondo livello effettuati dall'UVER hanno inoltre la finalità di valutare l'efficacia del Si.Ge.Co. a garanzia della correttezza delle dichiarazioni di spesa e della legittimità e regolarità delle transazioni soggiacenti.
Attraverso l'elaborazione di Rapporti di Controllo Annuali, disponibili nella presente sezione, l'AdA informa costantemente l'Autorità di Gestione, l'Autorità di Certificazione, l'Organismo Intermedio e la Commissione europea circa gli esiti dei controlli e le attività poste in essere a risoluzione di irregolarità o carenze.
Rientrano nell'ambito dei controlli di secondo livello quelli svolti dalla Commissione Europea, dall'Ufficio Europeo per la Lotta antifrode (OLAF) e dalla Corte dei Conti europea ed italiana. Le verifiche e la supervisione svolte su conformità delle pratiche amministrative alle norme europee, le indagini amministrative nella lotta contro la frode, la corruzione e le attività illecite, le verifiche sull'andamento nella gestione delle risorse pubbliche dell'UE svolte dalla Corte dei Conti europea e gli ulteriori controlli sui finanziamenti provenienti dall'UE svolti dalla Corte dei Conti italiana, completano il quadro dei controlli effettuati a garanzia del corretto e trasparente utilizzo delle risorse.
I Rapporti Annuali di Controllo (RAC), elaborati dall'Autorità di Audit, hanno l'obiettivo di presentare alla Commissione Europea le risultanze delle attività di audit effettuate nel corso del periodo di 12 mesi antecedente al 30 giugno di ogni anno, conformemente alla strategia di audit del Programma Operativo, e le eventuali carenze riscontrate nel sistema di gestione e di controllo del Programma.