È responsabilità degli Stati membri e delle Amministrazioni titolari di Programmi operativi dotarsi dei mezzi necessari per svolgere le valutazioni, organizzando la produzione e la raccolta dei dati necessari e utilizzando le informazioni fornite dai sistemi di monitoraggio e sorveglianza.
Lo strumento cardine per l'organizzazione e l'esercizio delle attività di valutazione è il Piano della Valutazione che, delineato nei tratti generali all'interno del QSN per la politica regionale unitaria 2007-2013, evidenzia le valutazioni da intraprendere, individuando la struttura di governance, le modalità di scelta dei temi e delle domande valutative, nonché i meccanismi di garanzia della qualità dei processi valutativi.
Esso risponde a funzioni di apprendimento, conoscitive, di sostegno alle decisioni, di orientamento ai processi di policy, di disseminazione dei risultati e di valutazione dell'efficacia.
Ciascuna Amministrazione, in funzione delle proprie esigenze conoscitive e priorità, può intraprendere contemporaneamente più valutazioni e affidarle ad un diverso team di valutatori, interni o esterni.
Per avere una visione complessiva e integrata dei risultati e dell'impatto degli interventi realizzati in materia di ricerca e innovazione, la valutazione delle politiche, strategie e azioni implementate con il PON Ricerca e Competitività 2007-2013 è inserita nel Piano delle Valutazioni (PdV) della Politica regionale unitaria.
Il Piano, che copre l'intero periodo di programmazione 2007-2013, è stato presentato al Comitato di Sorveglianza il 7 Maggio 2008. Essendo uno strumento dinamico viene aggiornato annualmente in funzione dello sviluppo del Programma e della rilevazione di nuove esigenze conoscitive, attraverso la redazione di specifiche schede relative a esercizi di valutazione e attività valutative da realizzare nel corso della programmazione.
Il Piano è caratterizzato da un ampio coinvolgimento del partenariato istituzionale e socio-economico che partecipa attivamente all'individuazione dei temi e delle domande di valutazione, supportando l'attività del Responsabile del Piano delle Valutazioni e della struttura tecnica di governo del PdV.