Con riferimento alle azioni di propria competenza istituzionale, il Ministero dello Sviluppo Economico (MISE), nella sua Direzione Generale per l'Incentivazione delle Attività Imprenditoriali (DGIAI), è designato quale Organismo Intermedio del PON R&C, ai sensi del paragrafo 2 dell'art. 59 del Reg. (CE) 1083/2006.
I compiti e gli obblighi che ne derivano, nonché i rapporti e i pertinenti accordi con l'Autorità di Gestione e l'Autorità di Certificazione, sono oggetto di un atto interministeriale, secondo quanto previsto dall'art. 12 del Reg. (CE) 1828/2006.
Tale atto, oltre a sancire la ripartizione delle risorse pubbliche, comunitarie e nazionali, e a ripartire tra il MIUR e il MISE la responsabilità della programmazione, dell'attuazione e della gestione delle specifiche linee di intervento, precisa anche i contenuti della delega, le funzioni reciproche, le informazioni da trasmettere all'Autorità di Gestione con la relativa periodicità, gli obblighi e le modalità di presentazione delle spese conseguite, le modalità di svolgimento della attività di gestione e controllo, la descrizione dei flussi finanziari e le modalità di conservazione dei documenti.
I compiti di gestione e di certificazione, riferiti alle azioni di competenza MISE, sono attribuiti dall'Autorità di Gestione all'Organismo Intermedio, che li esercita attraverso l'Ufficio IV e l'Ufficio V della DGIAI, e sono riportati nell'atto di delega che costituisce parte integrante dell'atto interministeriale.