Il protocollo d'intesa promosso dal Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca prevede un impegno finanziario pari a 3.232 Milioni di euro, risorse comunitarie (Fesr) e risorse nazionali (Fondo di rotazione) e prevede la costituzione di un Tavolo Tecnico per la sua attuazione.
Le risorse finanziarie messe disposizione per il primo triennio sono 1.600 milioni di Euro e hanno l'obiettivo di realizzare gli interventi del Programma finalizzati al sostegno della ricerca industriale, alla promozione di reti pubblico-private di eccellenza (Laboratori pubblico-privati, Distretti di Alta Tecnologia), al poteziamento dei centri di ricerca e a quelle azioni integrate sul trasferimento di conoscenze scientifiche e tecnologiche tra il Sud e il centro-Nord del Paese.
Il Tavolo Tecnico per l'attuazione del protocollo sarà formato dal MIUR (Autorità di gestione del PON Ricerca e Competitività), dal MiSE (Organismo intermedio) e dai rappresentanti delle Amministrazioni regionali e centrali direttamente interessate per assicurare il coordinamento degli interventi, valorizzarne la dimensione sovra regionale e verificarne sostenibilità e risultati raggiunti.
L'attuazione del Protocollo è demandata alla sottoscrizione di specifici Accordi di Programma Quadro, nei quali saranno definiti per ciascuna Regione le linee e gli ambiti prioritari di intervento a seconda della specificità territoriale.